про саму прогу:
Как правило, при установке спрашивается, куда ставить (возможно, надо для этого выбрать подробный режим установки). Можно туда написать свой каталог (c:documents and settingsusername). Хотя это не гарантирует, что программа в какое-то другое место части себя не запишет (даже скорее всего, что запишет). То есть если кому-то надо будет узнать, а не установлена ли такая программа, это будет достаточно легко сделать.
У некоторых программ есть portable-версии, вот их точно можно хранить в своём каталоге и никому не показывать.